An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants

Mivel az abiotikus stresszválaszban szereplő gének sok esetben hasonló szabályozás alatt állhatnak, így feltételezhetjük azt, hogy ennek alapját legalább részben a hasonló szabályozó elemeket is tartalmazó a promóter régióik adhatják. Mivel összetett molekuláris genetikai folyamatról van szó, így az...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Main Author: Cserháti Mátyás
Other Authors: Pongor Sándor
Györgyey János
Format: Dissertation
Published: 2011-06-30
Subjects:
doi:10.14232/phd.658

mtmt:2774765
Online Access:http://doktori.ek.szte.hu/658
LEADER 03054nta a2200265 i 4500
001 dokt658
005 20190715111223.0
008 110209s2011 hu om 0|| eng d
024 7 |a 10.14232/phd.658  |2 doi 
024 7 |a 2774765  |2 mtmt 
040 |a SZTE Doktori Repozitórium  |b hun 
041 |a eng 
100 1 |a Cserháti Mátyás 
245 1 3 |a An enumeration-based putative dyad predicting algorithm for promoter analysis in plants  |h [elektronikus dokumentum] /  |c  Cserháti Mátyás 
246 1 0 |a Enumerációs-alapú diád predikciós algoritmus alkalmazása növényi promóterek analízisében  |h [elektronikus dokumentum] 
260 |c 2011-06-30 
502 |a Disszertacio 
520 3 |a Mivel az abiotikus stresszválaszban szereplő gének sok esetben hasonló szabályozás alatt állhatnak, így feltételezhetjük azt, hogy ennek alapját legalább részben a hasonló szabályozó elemeket is tartalmazó a promóter régióik adhatják. Mivel összetett molekuláris genetikai folyamatról van szó, így az is feltételezhető, hogy számos gén, transzkripciós faktor, illetve szabályozó motívum együttműködéséről van szó. Eddig számos motívumkereső algoritmust fejlesztettek ki DNS szekvenciák analízisére és motívumok előrejelzésére. Ezek leginkább rövid oligonukleotid motívumokat képesek felfedezni. Tompa és kollégái vizsgálatai alapján több jól ismert motívumkereső program vagy algoritmus érzékenysége alacsony, így jelentősen javítani lehet ezeket az algoritmusokat. Mivel olyan algoritmus-összeállítás eddig nem volt, amely együtt szabályozott gének promóter régióiban szabályozó elem párokat, azaz diádokat keressen, azt tűztük ki célul, hogy ilyen algoritmust kifejlesszünk. Az algoritmust a jövőben más, megismert genomszekvenciájú eukarióta élőlényre, így többek között különböző fontos gazdasági növény (árpa, búza, rizs, stb.) promótereinek a vizsgálatára lehet majd alkalmazni. Az algoritmus egyik fontos eredménye az, hogy bemeneti promóter szettekben, azokra jellemző feltételezett diádokat képes optimalizáltan megtalálni. Az így kapott diádokkal pedig a vizsgált élőlény promóteromját lehet tovább elemezni, és megkeresni a többi hasonló diádot tartalmazó promótert, és ezáltal a promóterek génjeiről előrejelzést lehet vele tenni arra vonatkozóan, hogy állhatnak hasonló transzkripciós szabályozás alatt, így jó eséllyel hasonló folyamatokban is vesz részt, mint a kiindulási promóterek génjei. 
650 4 |a biológiai tudományok 
650 4 |a Biológiai tudományok 
700 0 1 |a Pongor Sándor  |e ths 
700 0 1 |a Györgyey János  |e ths 
856 4 0 |u https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/658/1/PhD_Dissertation_Cserhati_Matyas.pdf  |z Dokumentum-elérés  
856 4 0 |u https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/658/3/Dissertation_Thesis_Cserhati_HU.pdf  |z Dokumentum-elérés  
856 4 0 |u https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/658/2/Dissertation_Thesis_Cserhati.pdf  |z Dokumentum-elérés