ONEST (Observers Needed to Evaluate Subjective Tests) analysis of the reproducibility of prognostic factors in breast cancer
A tézis alapját adó két közleményben egy viszonylag új, ONEST (Observers Needed to Evaluate Subjective Tests; Szubjektív Tesztek Kiértékeléséhez Szükséges Vizsgálók; Reisenbichler ES et al. Mod Pathol 2020;33:1746-1752) nevű statisztikai módszert alkalmaztunk az ösztrogén receptor (ER), progeszteron...
Elmentve itt :
| Szerző: | |
|---|---|
| További közreműködők: | |
| Dokumentumtípus: | Disszertáció |
| Megjelent: |
2023-05-25
|
| Tárgyszavak: | |
| doi: | 10.14232/phd.11619 |
| mtmt: | 34125816 |
| Online Access: | http://doktori.ek.szte.hu/11619 |
| LEADER | 05531nta a2200289 i 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | dokt11619 | ||
| 005 | 20240124132148.0 | ||
| 008 | 230222s2023 hu om 000 eng d | ||
| 024 | 7 | |a 10.14232/phd.11619 |2 doi | |
| 024 | 7 | |a 34125816 |2 mtmt | |
| 040 | |a SZTE Doktori Repozitórium |b hun | ||
| 041 | |a eng | ||
| 100 | 1 | |a Cserni Bálint | |
| 245 | 1 | 0 | |a ONEST (Observers Needed to Evaluate Subjective Tests) analysis of the reproducibility of prognostic factors in breast cancer |h [elektronikus dokumentum] / |c Cserni Bálint |
| 246 | 1 | 0 | |a Az emlőrák prognosztikai tényezői reprodukálhatóságának ONEST (Observers Needed to Evaluate Subjective Tests) vizsgálata |h [elektronikus dokumentum] |
| 260 | |c 2023-05-25 | ||
| 502 | |a Disszertacio | ||
| 520 | 3 | |a A tézis alapját adó két közleményben egy viszonylag új, ONEST (Observers Needed to Evaluate Subjective Tests; Szubjektív Tesztek Kiértékeléséhez Szükséges Vizsgálók; Reisenbichler ES et al. Mod Pathol 2020;33:1746-1752) nevű statisztikai módszert alkalmaztunk az ösztrogén receptor (ER), progeszteron receptor (PR), Ki67, a hisztológiai grade, illetve a grade egyes komponenseinek szubjektív értékelésekor meghatározott besorolás reprodukálhatóságának vizsgálatára. Az értékelést 9 különböző tapasztalattal rendelkező patológus végezte, akik 50 hengerbiopsziás (CNB), illetve 50 excíziós (EXC) mintán, az odavonatkozó nemzetközi ajánlások alapján pontozták az ER, PR és Ki67 értékeket. A grade és komponenseinek értékelése hasonló módon történt, szintén 9 patológussal, szintén 50 CNB, illetve 50 EXC mintán. A 9 patológus értékeléséből származó eredményeken elvégeztük az ONEST elemzést, melyhez egy saját fejlesztésű számítógépes programot használtunk. Az ER, PR és Ki67 értékek esetében az eredeti ONEST 100 véletlenszerű permutációval számolt változatán túl megvizsgáltuk azt is, hogy milyen eredményeket kapnánk, ha az ONEST-et mind a 9! (9 faktoriális; 362880) permutációt figyelembe véve alkalmaznánk. Megállapítottuk, hogy a 100, illetve az összes permutációból származtatott ONEST között nincs szignifikáns eltérés. A munkánk során definiáltunk három ONEST-ből származtatott értéket (sávszélesség, OPA(n), ONEST érték), melyeket összehasonlítottunk az ER, PR és Ki67, a grade és komponensei, valamint a CNB és EXC minták között. Ez alapján megállapítottuk, hogy az ER és PR kategorizálásának reprodukálhatósági elemzése kevés (2-3) vizsgálóval már megbízható, míg a Ki67 kategorizálásánál 4-6 vizsgáló szükséges a reprodukálhatóság jó becsléséhez. Ki67 esetén – az elvárásokkal összhangban – nagyobb vizsgálószám szükséges a három-, mint a kétkategóriás besorolás esetén. Szintén megállapítottuk, hogy ER, PR és Ki67 esetén a reprodukálhatóság általánosságban nem függ attól, hogy CNB vagy EXC mintákról van-e szó. A hisztológiai grade ONEST elemzése során megállapítottuk, hogy 6 (CNB) vagy 7 (EXC) vizsgáló szükséges a reprodukálhatóság reális meghatározásához. Az ONEST-ből származó OPA(9) (overall percent agreement, azaz a teljes egyezés aránya mind a 9 vizsgáló esetén) értékeket összehasonlítottuk Kappa statisztikából, illetve osztályon belüli korrelációs együtthatóból (intraclass correlation coefficient, ICC) kapott eredményekkel is, melyekkel azokat összhangban találtuk. Eredményeink tükrözik azt, hogy a grade mérsékelten reprodukálható, illetve, hogy a grade komponensei közül a magpleomorfizmus kategorizálása a legnehezebb. Megvizsgáltuk, hogy az ONEST által javasolt minimális szükséges vizsgálószám hogyan van összhangban az irodalomban fellelhető korábbi grade reprodukálhatósági vizsgálatok Kappa és OPA eredményeivel, és megállapítottuk, hogy azok a vizsgálatok, melyeket az ONEST értéknél kevesebb vizsgálószámmal végeztek, vagy ahol a Kappát páronként vett vizsgálók alapján számolták, ott a reprodukálhatóság jobbnak tűnik, mint a nagyobb vizsgálószám alapján számított értékeknél. A vizsgálataink során az ONEST elemzések néhány korlátjára is rámutattunk. Akárcsak más reprodukálhatósági mértéket, ezt is több tényező befolyásolja, mint például a besorolási kategóriák száma, a vizsgált paraméter szélsőséges értékekhez közeli vagy távoli eloszlása, a paraméter homogenitása vagy heterogenitása, a vizsgálók tapasztalata és száma, az általános besorolástól következetesen eltérő vizsgálók jelenléte… stb. Ezek miatt az ONEST elemzések eredményét is kellő fenntartásokkal, becslés jellegűnek kell tekinteni. | |
| 650 | 4 | |a elméleti orvostudományok | |
| 650 | 4 | |a Patológia | |
| 700 | 0 | 1 | |a Cserni Gábor |e ths |
| 856 | 4 | 0 | |u https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/11619/1/ErtekezesCserniBalint.pdf |z Dokumentum-elérés |
| 856 | 4 | 0 | |u https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/11619/3/booklet_english.pdf |z Dokumentum-elérés |
| 856 | 4 | 0 | |u https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/11619/2/t%C3%A9zisf%C3%BCzet_magyar.pdf |z Dokumentum-elérés |
| 856 | 4 | 0 | |u https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/11619/4/ONEST-cikk%201.pdf |z Dokumentum-elérés |
| 856 | 4 | 0 | |u https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/11619/5/ONEST-cikk%202.pdf |z Dokumentum-elérés |
| 856 | 4 | 0 | |u https://doktori.bibl.u-szeged.hu/id/eprint/11619/11/Meghivo_Cserni_Balint_Gabor.pdf |z Dokumentum-elérés |